Institut "Ibn Sina" je uspostavio veoma aktivnu i plodotvornu komunikaciju sa Islamskom zajednicom u Bosni i Hercegovini, kao najvećom vjerskom institucijom u zemlji, što je rezultiralo i potpisivanjem Protokola o saradnji.
Na temelju ovoga Protokola ostvareno je nekoliko zapaženih zajedničkih projekata. Ovdje valja istaknuti organiziranje pet ciklusa predavanja – seminara za imame, u saradnji sa Tuzlanskim i Mostarskim muftijstvom, a uz učešće predavača iz Irana. U sklopu ovih aktivnosti do sada smo ugostili sljedeće profesore:
1. Dr. Hasan Zamani i dr. Mohammad Ali Rezai, članovi Naučnonastavnog vijeća Međunarodnog univerziteta Al Mustafa (2006.g.) - Tuzla,
2. Dr. Abdoulkerim Biazar Širazi, rektor Univerziteta Mazahib al Islami (2007.g.) - Tuzla,
3. Dr. Abdoulkerim Biazar Širazi, rektor Univerziteta Mazahib al Islami (2007.g.) - Mostar,
4. Dr. Izuddin Rezanežad i dr. Mohammad Dževad Sobhanifer, profesor Visoke vjerske škole (2008.g.) - Tuzla,
5. Dr. Ali Fathi Aštijani, profesor sa Teheranskog univerziteta (2010.g) - Tuzla.
6. Profesor Mohammad Shojaee, profesor islamskih nauka i psihologije (2012. g.) – Goražde
Do sada je nekoliko delegacija Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini u organizaciji Instituta "Ibn Sina" boravilo u Iranu, gdje su posjetili naučne i istraživačke centre i vjerske ustanove u Islamskoj Republici Iran. Između ostalih u Iran su putovali:
1. Prof. dr. Zuhdija Adilović, dekan Islamskog pedagoškog fakulteta u Zenici,
2. Muharem ef. Hasanbegović, predsjednik Udruženja Ilmije,
3. Prof. dr. Enes Ljevaković, Fetva-i emin Rijaseta Islamske zajednice u BiH,
4. Nezim ef. Halilović, šef Ureda za hadždž Rijaseta IZ u BiH,
5. Nazif ef. Garib, sekretar Mostarskog muftijstva
6. Dženan ef. Imamović, sekretar Goraždanskog muftijstva,
7. Prof. dr. Šukrija Ramić, profesor Islamskog pedagoškog fakulteta u Zenici,
8. Hafiz Sabahudin ef. Skejić, imam Šarene džamije u Tuzli,
9. Bekir ef. Šabić, zamjenik tuzlanskog muftije,
10. Edhem ef. Čamdžić, Muftija banjalučki, zajedno sa pet imama iz Banjalučkog muftijstva,
11. Duršum Dervišević, imam u Ključu,
12. Mirsad ef. Mrahorović, Predsjednik Medžlisa IZ Banovići,
13. Sulejman Bugari, imam Bijele džamije u Sarajevu,
14. Abdullah Hodžić, imam džamije u Gračanici
Institut „Ibn Sina“ je u saradnji sa Islamskom zajednicom u BiH, te Mešihatom islamske zajednice u Republici Hrvatskoj organizirao nekoliko okruglih stolova i konferencija u oblasti islamskih nauka, te potpomogao objaljivanje nekoliko knjiga.
Jedna od aktivnosti Instituta "Ibn Sina" u prethodnom periodu bilo je i organiziranje posjeta iranskih hafiza džematima u Bosni i Hercegovini i Hrvatskoj radi obogaćenja vjerskih sadržaja u mjesecu Ramazanu. Do sada smo imali osam ovakvih posjeta.